公元四世纪，古罗马诞生了第一位基督教皇帝君士坦丁，在他的庇护下，基督教由屡受迫害的异教变成了正统国教。当徒手的耶稣战胜了持剑的恺撒之后，基督教逐渐征服了西方人的精神，对西方文明的发展做出了诸多贡献。
一、驯化野蛮人的基督教
从人性进化的角度讲，特别是在精神及其伦理层面上，基督教在古希腊的理性精神之外，提供了统一的持久的超验信仰，对天堂的期待安抚着地上的苦难，信徒的良知反抗着世俗权力的蛮横，并通过圣徒的殉道和忏悔为人们提供道德典范（比如，耶稣殉难之后，又有圣彼得和圣保罗的殉教，圣·奥古斯丁的忏悔）。这信仰，这典范，提升着西方人的精神世界，也作为在道德上凝聚社会的纽带连接起世世代代的伦理传承。由基督教和古希腊形而上学的结合而形成的超验伦理，在西方文明中具有超越世俗功利的绝对价值，并逐渐演变为普遍有效的公德标准。来自上天的超自然的恩惠和制裁，许给为善者入天堂的万世至福，降给作恶者下地狱的永生惩罚，又通过忏悔的途径给人以赎罪和自新的机会。上帝之子耶稣用甘愿上十字架的代价，背负起人的“原罪”，以绝对的非暴力对抗暴力，以绝对的爱与宽恕降恩于所有罪人。生而有罪的人类，唯有终生向上帝祈祷和忏悔，在行为上不断行善积德，才能在无限的赎罪之路上接近天国。正是这种恩罚并重、忏悔赎罪和良知反抗的超验伦理，逐渐把凶悍的野蛮人和贪婪的惟利是图之徒，驯化为平和、节制和反省的文明人，也就是把本能人提升为具有信仰的理性人。
从历史进程的角度讲，基督教兴盛于大一统的罗马帝国开始走向衰败之时。北方蛮族的入侵、内部的暴虐统治、腐败奢侈、权争阴谋和底层反抗，已经失去道德方向的罗马帝国，强大的武力只能带来更大的灾难。幸运的在于，罗马帝国在武力上败给了蛮族，基督教却在精神上驯服了野蛮人，使之逐渐变成文明人。古罗马帝国的统一传统与北方蛮族的分离势力发生武力冲突，在世俗意义上，促成了罗马帝国的衰亡和民族国家的纷纷独立，但在属灵意义上，教权之下的信仰及教会的统一，等于在另类意义上延续着昔日的罗马帝国统一。正如英国历史上最伟大的政治领袖温斯顿·邱吉尔所言：“罗马帝国灭亡以后，获胜的野蛮人也同样被基督的福音迷住了。虽然他们并不比今天的善男信女更能克制自己的邪欲，但是他们有共同的教义和神灵的启示。一条联接着欧洲各个民族。一个世界性机构遍布所有国家，它无比强大，而且是罗马时代幸存下来的惟一成为系统的机构。这一机构的首脑是罗马的主教，他在精神上或者至少以教职的形式，恢复了罗马皇帝已经丧失的权威。”（《英语民族史》第一卷《不列颠的诞生》，温斯顿·邱吉尔著，薛力敏林林译，南方出版社2003年版P83）
正是凭借着圣徒的榜样激励、教会的超然权威、教义的普世正义、教士之布道安慰、仪式之庄严魅力、信徒之坚定虔诚……才培育出互助、慈善、克制、苦行等社会公德。僧侣们的开荒拓土，教堂和修道院对弱势者的庇护、对穷人的赈济、收养鲧寡孤独、安顿迷途旅客，教会医院救死扶伤，特别是救助那些被遗弃的罪犯和传染病人……等等，宗教场所不仅成为施善育德和救死扶伤之地，也成为维护世界和平的源泉，交战双方不得进入宗教场所，已经成为世界通则。
二、改变社会结构的基督教
从社会发展的角度讲，基督教对西方社会的发展具有三大功能。
1，教会成为凝聚社会大家庭的组织纽带和自治权威，也成为秩序与和平之源。不仅是罗马教廷提供了西方属灵世界的统一权威，而且各地方教会也成为社区自治的组织核心。这种以教会为组织核心而形成的秩序，对结束无政府的混乱状态来说，具有着远比世俗政府更强大的功能。怪不得有人戏称：“梵蒂冈的世界性权威就是宗教领域的‘联合国总部’。”但与现在的联合国相比，梵蒂冈的统一权威具有悠久的传统，而联合国的权威仅仅是二战后的产物，所以，梵蒂冈对世界各地的天主教会的权威之有效，远非纽约联合国总部对各成员国的权威所能比拟。梵蒂冈训令对全世界的教徒具有强大的约束力，而联合国决议却难以真正约束各主权国家的行为。
2，基督教信仰，逐渐凝聚起整个西方教徒的信仰共识，从而形成了相对于世俗权力及其利益的超验良知，随着教会的普及和日渐扩张，这种独立于世俗王权之外的道德的或精神的普遍共识，逐渐变成了高度组织化的宗教权威，在世俗政权本身无法形成对最高权力的内部制度化制约的情况下，基督教作为社会性的精神权威，发挥着从外部制约世俗王权的作用。由此，基督教改变了西方社会的整体结构，即在世俗政府的权威之外，造就了另一个独立的属灵权威，构成了两种权威、两套法律、两种责任的并存。神权的确立及其教会财产的合法化，在使西方人的宗教信仰由多神教变成一神教的同时，也使古希腊遗留下来的一元社会随之退出历史舞台，西方社会的权力结构逐渐由一元变成二元，神权与王权、教会与政府、僧侣与俗人、宗教法与世俗法……的并存，构成了古罗马社会结构的二元化：一是僧俗并存并日趋走向政教分离，二是自上而下的封建和自下而上的自治并存。正是在两种不相上下的社会力量及其制度的相互对抗中，西方社会才能逐渐形成两种统治力量相互制约的权威均衡，为西方制度向自由宪政的演变提供了成熟的社会条件。
3，为西方法治秩序的形成提供超验基础。在基督教成为古罗马的国教之后，不仅教会法在技术上为世俗法提供了可资效仿的对象，而且对来自超验正义的教会法为法治秩序的超验基础，于是，西方人逐渐形成了这样的法治思想：法律如若要形成稳定的普遍的规则，首先，法律来上帝的意志，乃善法而非恶法，《摩西五经》是法律的原型；而法律如果仅仅来自恺撒，就很容易变成主要服务于统治者意志的恶法。其次，法律只有被信仰，才会被尊重、被自愿服从，整个社会才能具有以遵纪守法为荣的公共意愿。否则的话，法律要么变成“恶法”，只服务于统治者的意志；要么形同虚设、被法律之外的潜规则代替。
三、培育西方人文精神的基督教
从人文精神的特质和文化发展的角度讲，基督教为西方文化提供了精神、制度和物质的伟大贡献。
1，基督教的教义及其神学思想，对西方的人文学具有全面而深刻的影响。教义提供普世道义，拉丁文提供统一文字，自耶稣殉难以来的西方，没有基督教背景的一流精神产品，几乎是不可想象的。无论是神学、哲学、文学，还是绘画、音乐、建筑，只要是人文和艺术的创造，无一不打上鲜明的基督教印迹。不要说神权时代的人文精神被基督教信仰所左右，即便是在理性化世俗化的近、现代西方，基督精神也为人文创造提供深层的滋养，文艺复兴运动、启蒙运动和非理性主义运动之中诞生的文化巨人们，尽管以复兴古希腊的理性精神来对抗神权主宰的中世纪，但是从但丁的《神曲》到意大利三杰的绘画，从莎士比亚的戏剧到歌德的《浮士德》再到贝多芬等人的交响曲，从康德的绝对律令到尼采的超人，人们都能看到基督受难的形象和听到天国的钟声。可以说，基督教已经渗入了西方文化的血肉之中。特别是那种指向绝对价值的超越精神，已经成为西方文化的最醒目的标志。
2，基督教教会和神职人员在保存古代文化遗产方面贡献卓著，不仅是与基督教传承直接相关的古典遗产，还有大量异教和异端的文献资料。经院神学家对古典哲学做出的独特性解释，对古典精神的传承具有承前启后的意义。教会开办的神学院为西方高等教育体制奠基，是西方的近、现代的大学及其研究制度的母体。教会、修道院和神学院训练出大量的教师、学者、法官、外交官和内阁大臣。教会的慈善事业也包括资助艺术创作，西方的音乐、绘画和建筑所达到的艺术高度，没有教会所提供的精神资源和物质支持，也是难以想象的。
近、现代以来，借助于强大的经济、先进的技术和优越的制度，基督教的信仰征服已经从西方向非西方国家扩展，而且一直持续到当代世界。基督教及资本主义文明具有强烈的扩张性，先后造就了罗马帝国、大英帝国和二战后的美利坚新帝国，并由武力的征服和占领的殖民扩张演变为资本的扩张和福音的扩张（道义扩张），基督教为西方文明的扩张意识注入了“传播上帝福音”的道义动力，其世俗化进程表现为经济上的自由市场的全球化和政治上的自由民主的全球化。在“资本”为了利润而进行的无远弗界的扩张中，虔诚而富于献身精神的传教士，也不惜历尽千难万险地传播福音，甚至于只要有人的地方就有西方传教士的足迹。
进入20世纪之后，人类历史富于戏剧性的发展证明：自发形成于特定地区的基督教、市场经济和自由宪政，之所以具有难以抗拒的扩张性，就在于它们具有其他文明所缺乏的与人性的内在契合性——善待人性、确立人的尊严、鼓励自由竞争、确保和平秩序和激发人的首创精神。所以，西方文明逐渐显露出其普世性品质，被越来越多的其他地区和其他文明所接受，甚至演变成难以抗拒的历史大势，顺治者昌而逆之者亡。
然而，基督教对西方的伟大贡献并不能掩饰其制造的灾难。在基督教主宰西方精神的漫长历史上，教会犯下的最大罪恶便是迫害异教和异端。这样的迫害史，从公元4世纪初一直延续到20世纪后期。
四、初为国教时期的迫害异端
非常讽刺的是，基督教由异教变成正统之后，也变成了制造并迫害其他异端的信仰独裁者。从此，作为国教的基督教忘记了自己作为异教徒被迫害的伤疤，开始了在权力的支撑下的漫长的迫害异教徒的过程。君士坦丁大帝在把基督教定为国教之后，就开始迫害其他宗教信仰和基督教内部的异端。他就针对异教颁布严格的禁令：禁止在新首都敬拜任何偶像，禁止任何异教的集会并焚毁其会堂。四世纪的最后20年，狂热的基督徒在罗马各城市里不断地制造骚乱，摧毁异教的古老神庙，清除所有偶像和异教徒，禁止异教的祭祀和仪式。异教派别主要源自古希腊的精神遗产，如，新柏拉图派、斯多葛派、犬儒派和密斯拉教派（Mithraism），其中尤以新柏拉图派和斯多葛派的影响最大，并通过圣·奥古斯丁的神学而融入基督教之中。
虽然，在基督教的扩张中，由于战功赫赫并喜欢希腊哲学的朱利安皇帝（Julianus 公元332－363）信奉异教，导致了基督教正统地位的暂时动摇，但这位皇帝被一个基督徒刺死之后，无数基督徒公开庆祝这位异教皇帝死去，基督教也随之再次控制了政府，大规模的迫害异教运动再次展开。4世纪末期，罗马城中还矗立着700多座异教庙宇，但是，从公元380年开始，在信奉“尼西亚信条”的正统派格雷先皇帝（Gratian）的大迫害下，异教遭到了严重摧毁，驱赶异教的神职人员、拆毁异教的庙宇和僧院并没收其土地。最过分的是，罗马历史上最伟大的皇帝奥古斯都（屋大维）建立在元老院中的胜利女神像，也作为异教象征物而被拆除。要知道，这座雕像建于公元前29年，至此已经有四百多年的历史，曾经有十二代元老在此像前宣誓效忠帝国及其皇帝。
公元393年，意大利的异教徒们冒险发动革命，这也是他们反抗宗教迫害的最后一次努力，但以失败告终。394年，东罗马帝国的皇帝西奥多西一世（TheodosianI）率军进入罗马城，强迫元老院下令废止所有异教信仰。及至5世纪中叶，罗马城市中的异教徒已经所剩无几，但基督徒却越来越多，遍及整个帝国。
同时，基督教从被立为罗马国教之日起，基督教内部的派别之争就从未停止过，正统对异端的迫害也从未中止过。
君士坦丁大帝在尼西亚公会议上确立了“三位一体”的正统之后，也开始对基督教内的异端进行迫害，他下令：凡是不符合正统教条的主张全是异端，异端的书籍一经发现必须焚毁，私藏者将被处死。而且，基督教内部的派别之争，还演变为血腥的暴乱。从325年的尼西亚公会议开始，正统的三位一体教义与不承认三位一体的阿莱亚斯派（Arius）之间的争论一直持续。君士坦丁死后，在亚历山大城和君士坦丁堡等城市，两派之间的暴力冲突持续了长达一年时间（公元342－343），双方共有3000多基督徒丧生。
之后，基督教教会的最为重要、也最为繁琐的任务之一，便是尽力阻止异端邪说的繁衍，迫害异端也就成为贯穿于正统基督教史的组成部分。罗马教廷决不会容忍对正统教义的任何挑战，极端敌视基信仰上的个人主义的宗教自由。在教廷眼中，异端教派的罪恶是双重的：既分裂教会的同一性，也有分裂国家的潜在危险。特别是在政教合一的统治时期，由国家支持的正统教派就特别反对由民族主义支持的异端教派。确实，在很多情况下，异端思想来自某一试图脱离帝国统治的“叛乱地区”，异端思想是叛乱者们的道义旗帜。比如，否定基督的人神二性的“基督一性说教派”（Monophysites），就极力鼓动叙利亚和埃及脱离君士坦丁堡：“道纳杜斯派”（由迦太基主教道纳杜斯创立）鼓动非洲脱离罗马；在罗马受到压制的阿莱亚斯派却在蛮族中赢得了众多信徒。
公元4－5世纪，由于蛮族入侵，异端教派也纷纷出现，决不下于几十派，举其大者就有：阿莱亚斯派、犹诺米乌斯派（Eunomians）、马其顿派（Macedonians）、萨伯流派（Sabellians）、诺瓦千派（Novatians）、普里西连派（Priscilliasts）、还有最著名的摩尼教（Manicheism）。各教派反对正统教派的斗争，其深层动力是争取地方教会独立于罗马教会的自治权力。所以，所有这些教派都遭遇过数位罗马皇帝的残酷镇压，特别是对摩尼教的镇压最为凶狠。公元385年，一位西班牙主教被指控为摩尼教徒，并与数位同伴一起被烧死。对其他异端派别，他们的领袖大都被逐出教堂，信徒被没收财产。然而，由于西罗马帝国的日渐衰落，罗马教会也无力控制各地的、特别是东方的教会，东西罗马帝国的分裂，也使基督教陷于了事实上的分裂状态。受迫害的异端派对正统派的怨恨之深，甚至达到了有你无我的程度，以至于，当阿拉伯人在公元7世纪征服埃及和近东之时，这些地区的一半以上的人将入侵者视为解放者，期望阿拉伯人让他们在宗教上、政治上和经济上得以摆脱拜占庭的残酷统治。
基督教的正统地位，开始改变西方人的时空观念，时间和空间同时被基督教化了。在时间上，主耶稣一生中的核心事件——圣诞节、复活节和星期日（主日）——成为记年的标志。比如，长期以来关于基督诞生日的争论，在公元354年也有了最终的结论，包括罗马教会在内的西方教会，一致把基督诞辰确定为12月25日，也就是现在通行于全世界的“圣诞节”。
在空间上，以纪念基督教的殉道者为核心的建筑矗立起来，指向天国的高耸尖顶与世俗的皇宫和民宅的低矮形成鲜明的对比。以殉道者的名字命名的大教堂逐渐占据了西方各大城市的中心，遍布城乡各地的教堂也自然成为社区生活的中心。东罗马帝国的首都拜占庭（“新罗马”）就是基督之城的最好象征。建都二百年后，它已经成为世界上最富有、最美丽和最文明的城市，享誉基督教世界千年之久。在公元5世纪时，这座基督之城就以金壁辉煌的皇宫和华丽巍峨的教堂而著称于世，据记载，已经有了5处皇宫、6处宫女宫殿，3处贵族宫，4388座大厦，322条街道，52个柱廊，1000多家店铺，100多处游乐场所、豪华澡堂和壮观的广场……有人将之称为世界古典艺术的博物馆。最著名的当数君士坦丁会堂、圣索非亚大教堂、三面临海的皇宫和奥古斯塔广场。
在时间和空间的基督教化的背后，是西方的社会秩序的基督教化。这一过程经历了两个阶段，第一阶段从君士坦丁时代到公元6世纪末，大致经历了近300年时间。这是作为国教的基督教向所有异教宣战的时代，也是皇权对基督教具有支配权的时期。在清除异教影响的过程中，核心的问题是身份甄别：“什么样的人才算基督徒？”圣·奥古斯丁等教父的神学，不仅对此做了系统的回答，而且对各异端派进行了系统的驳斥。公元533年公布的《查士丁尼法典》，也把信奉“三位一体”作为基督教正统，并以法律的形式确立了罗马教会的领导地位：所有基督教团体皆要服从罗马教会的权威，为各大都会的各主教、各修道院院长以及其他神职人员都要服从教皇，为神职人权的行为立下规矩，禁止神职人员赌博、看戏和看竞技等。当然，异端派也必然成为该法典的禁止对象：首先是财产上的惩罚，比如，道纳杜斯派、一性论者和其他反国教派别，统统没收其财产，判处其无买卖能力，没有继承权和遗赠权，更无资格向正统基督徒借债。其次是参与公共事务的限制，异端派不得集会，不准担任公职。最后是肉体灭绝，特别是对摩尼教徒和再次信奉异端者，统统处死。由于正统基督教对各异端的迫害，必须借助于皇权的支持，所以，教会也就自然听命于皇权。《查士丁尼法典》规定了皇帝对教会的统治权。就这样，基督教正统教父们的神学与基督教皇帝制定的《查士丁尼法典》相结合，奠定了以基督教为道义正当性的法治秩序。
第二阶段开始于6世纪末的“大格利高里时代”（Gregory the great，在位590－604），结束于11世纪，经历了大约400年的时间。这是拜占庭东方被伊斯兰化的时代，也是西方逐渐皈依基督教的时代，即已经普及之后的基督教建立自身的标准和秩序的时期，核心问题是如何提升基督教的地位和品质：“具有怎样的生活方式和行为举止才算一个好基督徒？”这是一个秩序建立和完善的阶段。在此阶段，殉道先知的行迹和著名教父的教诲不再具有主宰作用，教会制度和主教布道成为建立秩序的主角，他们制定了一套基督徒应该遵守的道德准则，也制定了辨别何为“异教徒”的标准，有权威裁定基督徒生活中的是非善恶、高尚和低俗，逐渐形成了有别于世俗国家秩序的属灵王国秩序。这种秩序，其内在权威是靠罗马教廷及其颁布的一系列通谕建立起来的，进而形成了教会法和宗教法庭；其外在权威是靠对异端的文攻武吓及其迫害建立起来的，所以才有中世纪的几次十字军东征和大规模迫害异端运动。
五、迫害异端的制度化时期
如果说，1096年，教皇乌尔班二世发动第一次十字军东征是对外地的讨伐异教，那么，1215年，教皇英诺森三世主持召开的具有里程碑意义的世界性基督教公会议，就是对内的镇压异端。
那是一个充满战乱、经济变革和社会动荡的时代，随着战争和商业而来的东西方交流的不断扩展和加深，各类不同于正统基督教的思想观念也蜂拥而至，从而导致了各种异端的兴起。而当时占据正统地位和达到权力顶峰的罗马教廷，既是战争狂又是吸血鬼，既垄断教权又垄断财富，既炫耀主教的权杖又挥霍腐败。这个企图独霸人类精神世界权力的教会，已经由单纯的信仰团体变成了利益集团。在经济上，一方面是日益加重的苛捐杂税，对各地教会和普通信徒进行敲骨吸髓的诈取，另一方面是买卖神职、出卖赎罪券、聚敛和挥霍财富的腐败，罗马城里的主教在拉特兰宫（Lateran）的生活，其排场堪比皇帝及其王公大臣们。所谓“教皇的税吏甚至比国王的军队更恐怖”的民间谚语，正是底层对教廷的强烈不满的表达。
于是，上帝的代理人已经变成双重的独裁者：精神的压迫者和财富的掠夺者，异端思想也就成为底层反权贵反教权的有利工具。所以，最令教廷恐惧的反对力量，不是来自其他异教，而是来自基督教内部的异端，教廷根本不可能对各类异端做出宽容性的接纳，而只能愚蠢地做出防御性的镇压反应。
可以说，异端大都是穷人的信仰，诸如“卡塔尔派”（Cathar）、“韦尔多派”（或称“里昂穷人派”）、以及魔法、巫术等。这些异端，与其说是反对基督教，不如说是“反对天主教会”。首先，他们诉诸于《圣经》的原始教义和圣·奥古斯丁的神学，反对罗马教廷对一切宗教活动和属灵道德的垄断权力，拒绝崇拜教士和正教的权威，而要求纯洁基督教的信仰，通过严格的戒律来成就基督教的“完人”——精神至善。其次，他们反对教会及其神职人员的聚敛财富和腐化堕落，反对苛捐杂税和奴隶制，而追求信仰上、经济上、人身上的平等。再次，异端也是边缘对中心的反叛，比如，异端“卡塔尔派”和“韦尔多派”都来源于自治权力日渐强大的法国，二者在法国也都受到支持和鼓励。
可以说，在反教廷垄断和反教会腐败的意义上，中世纪的异端运动正是16世纪的新教运动的先驱，新教运动不过是此前的一系列异端运动的继承者：被迫害的异端“……为以后约翰·胡斯的改革派异端铺平了道路，被十六世纪新教辩护士所采纳，成为宗教改革的先驱。”（《宗教裁判所——异端之锤》，爱德华·伯曼著，何开松译，辽宁教育出版社P9）两者的不同只在于：先驱者失败了，继承者成功了。而历史的悲哀就在于，先驱者是悲剧人物，他们必定失败并付出生命的代价，而继承者是正剧人物，他们必定胜利并赢得权威。因为，无数先驱者所付代价的持续累积，终将达到某一临界点，继承者又恰好幸运地把握住了这一临界点。
教廷自然要为维持自己的垄断地位而向异端宣战。距君士坦丁主持的全教会性宗教会议八百九十年之后的1215年，教皇英诺森三世主持召开了另一次具有里程碑意义的世界性基督教公会议，会议发布的第三条教规就特别强调对异端的镇压。到1227年，教皇格利高里九世执掌罗马教廷之后，开启了镇压异端的制度化：发布“绝罚赦令”，设立宗教裁判所，发行“宗教法庭指南”，建立书籍审查制度，审讯时的体罚制度，惩罚法规（包括耻辱标志、没收财产、监禁、火刑处死等）之后，英诺森四世在1252年5月15日发布了迫害异端最恐怖的教皇通谕《论彻底根除异端》：把根除异端作为国家的首要任务，要求世俗权力完全听命于宗教裁判所。这项教皇通谕使意大利变成了名副其实的警察国家。天主教会的首席神学家圣·托马斯·阿奎那也写出了权威性的《驳异教徒大全》。
十字军东征成为最血腥的信仰之战，宗教法庭成为最臭名昭著的迫害异端之地，留下了遗臭万年的《巫女之锤》，这本经过教皇英诺森八世钦定的通谕，为腥风血雨的迫害异端开启了大门。据记载，在意大利，宗教裁判所处死过至少一万五千人；在西班牙，宗教裁判所处死过三万二千人；在法国，宗教裁判所的审判官尼古拉·雷米是个迫害狂，据说他在一天之内就烧死过被判为女巫的八百名妇女。更荒唐的是，许多迷信魔法的高阶神职人员却热衷于巫术审判，比如，1316年当选教皇的约翰二十二世，一面沉溺于各类魔法，不惜用自己的动产和不动产作抵押，来换取具有魔力的器皿，一面又疯狂地迫害术士，连续发布四份训谕，发动了史无前例地迫害异教徒运动。
无数的异教徒和女巫的鲜血淤积起来，阻塞了多元化的精神通道，窒息着人类的精神创造力。直到新时代黎明之际，宗教法庭还烧死过布鲁诺，判决过伽利略；在16、17、18三个世纪里，还陷于巫术审判的极端狂热之中。据西方史家估计，在这种狂热中被迫害致死的人数，高达二十万到一百万之间，而且大多数是女人。也就是说，中世纪被称为“黑暗时代”，宗教不宽容及其迫害异端，便是这“黑暗”的最醒目标记。
六、从宽容到迫害的新教时期
尽管，在罗马教廷的严厉而持续的迫害下，大多数异端教派没有成气候，但经历过基督教内部的两次大分化，异端思想还是对天主教正统取得了胜利，“东正教”和“新教”就是异端胜利的标志。前者是土耳其入主拜占庭帝国的产物，后者是16世纪的西方宗教改革的产物。
特别是在宗教改革运动中崛起的新教，无论是路德派还是加尔文派，也都经历了由提倡宗教宽容到回归宗教迫害的过程。即便以提倡宗教宽容著称的马丁·路德，在路德派取得了牢固地位之后，也逐渐放弃了宽容而转向迫害。
路德的不宽容
在宗教改革之初，马丁·路德公开呼吁宽容犹太人、异教徒和基督教异端，而反对天主教“烧死异端者”的行为，称其是“违反神意”。他以教徒的个人良知取代了教会权威对信仰解释权的垄断，在宗教内部开启了“个人主义”的滥觞。他主张“每个人皆为教士”，个人有权按照自己的理解来解释《圣经》，每个信徒都具有不经由教会权威的钦定而直接仰望上帝的信仰权利。他在《论世俗权威》一文中表达了宗教宽容观念：“由于信与不信，全系个人良知之事……世俗权威应满足于料理其自身之事，而准许人们，依照他们的能力和志愿，信这，或信那，而不用外力强迫任何人。……当人们全凭力量而不凭神的话语反抗它们的时候，信仰和异端决不如此的强烈。”“我们既不能也不该强迫任何人信教。”路德谴责对用言词表达信仰者处以极刑的残忍，他还写信给非特列选候，请求其宽恕起义领袖闵采尔和其他敌人。他反对用暴力等强制手段来维护福音真理，说出了最著名的宽容箴言：“征服异端，不当用火而当用书。”特别值得一提的是，当时的路德还专门呼吁对犹太人采取宽容态度，他说：“由于这群傻瓜，这些教皇、主教、辩士和修士这些粗鲁的笨驴，像他们那样对待犹太人，每个基督徒恐怕都宁可当犹太人了。真的，如果我是犹太人，看到这些笨瓜白痴那样解释基督教教义，我宁可变成猪而不当基督徒……我呼吁每一个人应善待犹太人，……”（参见：《世界文明史·宗教改革》P569－567）
然而，当路德开创的新教得到了德国候王们的支持和广大教徒的信奉之后，他开始像他曾经反对过的历任天主教教皇一样，变成惟我独尊的信仰霸主。他在1522年公开宣称：“我不允许任何人批判我的主张，即使是天使。凡是不接受我的主张者就不能得救。”这样的口气，其霸道甚至超过了教皇们。路德还在《圣经·申命记》第13章找到了迫害异端的神圣戒律：“你不可顾惜他，你不可庇护他”；即便他是“你的同胞兄弟，或你的儿女，或是你怀中的妻子……你必定要杀他，你要首先下手，将其置于死地。”就这样，路德假借上帝的命令之手把异端置于死地。早在13世纪，教廷就以此为根据大肆迫害异端。1515年，路德也求助于官方的检查制度，毁掉再洗礼派和茨温利派的“邪恶教条”。1530年，他建议政府把煽动暴乱和反私有财产的所有异教徒、所有宣扬基督是人而不是神的异端……统统处以极刑。
其他新教的大小领袖和新教国家，也在得到权力之后回归天主教的先例，模仿了天主教迫害异端的所有措施：没收财产、关闭教堂、书籍审查、开除教籍、驱逐出境、逮捕监禁、处死。新教中的极端者甚至主张新教国家对信仰邪教者必要斩草除根，对其子女也像牲畜一样一并摧毁。1537年1月18日，奥格斯堡市议会颁布一项针对天主教的命令：禁止天主教徒的礼拜，限该市的所有天主教徒在八天内改信新教，不服从者将被放逐，并派军队没收所有的教堂和修道院的财产；祭坛和塑像被迁移，修士和修女被驱逐出境。之后，对天主教的禁令扩展到所有被新教控制的国家和地区，许多城市颁布过类似奥格斯堡市的法令。
对于犹太人，当路德发现宽容态度也无法让犹太人改信基督教时，他便露出狰狞的不宽容面目，他把犹太人与罗马教皇归为一丘之貉，斥之为“不敬神的坏蛋。”咒骂犹太民族是“一个僵颈、不信神、骄傲、邪恶、可厌的民族”，他公开号召把犹太人的学校和教会付之一炬：“让任何人把硫磺和松脂尽量掷向他们，假如有人在他们身上投掷地狱之火，那就更妙了……把他们的房舍也给粉碎和摧毁。……把他们的书籍和《犹太法典》，还有他们的《圣经》夺下；禁止他们的教师在死亡的痛苦上，从此不再教导。封锁一切的街道和大路以阻其通行。禁止他们放高利贷，把他们所有的金银财宝夺下并贮进保险箱。如果这还不够，将他们像疯狗一样地驱逐出境。”在路德看来，只有对异教徒采取这种赶尽杀绝的手段，基督徒才能荣耀我们的主和基督，上帝才会“发现我们是真正的基督徒。”（P371）
加尔文的迫害异端
新教的另一领袖加尔文的不宽容举世皆知，著名作家茨维格的名著《异端的权利》，详尽记述和评价了加尔文对异端的野蛮迫害。
加尔文在新教中的崇高地位奠基于他的神学著作《基督教原理》。在路德用德文翻译《圣经》之后，《基督教原理》便成为宗教改革的最重要实绩。它是宗教改革时期第一部系统的阐释福音教义的神学著作，并被奉为新教的指导教义和经典著作。西方史家认为，路德发动了宗教改革，加尔文以《基督教原理》完成了宗教革命。
因提倡新教而受过天主教迫害的加尔文，最初同样是迫害异端的坚决反对者，他不仅从人道主义出发反对迫害：“把异端处死是罪恶的，用火和剑结束他们的生命是反对人道的所有原则的。”他也基于基督教教义来反对迫害：“使用武器对付被教会逐出的人，并否认他们拥有全人类共同的权利是反基督教义的。”然而，一旦他被奉为精神教主和掌握权力之后，他对待异端的态度便由捍卫异端的权利变成必欲把异端置于死地。
当他从流亡地被请回瑞士、出任最高决策机构长老会的会长之后，权力机构不仅变成了加尔文实行信仰独裁的强制工具，也让他本身的道德狂妄姿态迅速显露，他自视为瑞士共和国的精神征服者，开始把极权野心加诸于一个自由共和国，旨在将共和国改造成神权独裁的国家。他为日内瓦市行政会提供了“新教十戒”，要求市政会强迫自由市民逐个宣誓，公开接受他的新教义，而拒绝宣誓者将被驱逐。他迫害每一个反对他的宗教信条的人，教徒也好，自由民也罢，一旦拒绝向加尔文法令宣誓效忠，或在理论上向加尔文的教义提出异议，就会被加尔文视为敌人，不仅要被逐出日内瓦，而且可能被置于死地。
然而，日内瓦是个共和城市，居民早已习惯了自由生活，很难容忍加尔文的独裁统治和清教徒戒律，教徒和市民起而反对加尔文独裁，拒绝向加尔文法令宣誓效忠，反对像对待“扒手”一样对待他们。而靠新教信仰掌权的加尔文必须靠权力维护信仰的独尊，权力一旦加入信仰之争，必将把恐怖统治强加于论战对手。加尔文公开宣称：日内瓦已经变成腐败不堪之城，只有厉行严格的统治才能扭转颓风，需要绞死1800个青年，道德和教规才能在这建立起来。他做出如此严厉而残酷的宣示的理由，很有点“宁可错杀一千，也决不放过一个罪人”的滥杀，他说：为了维护信仰的纯洁（实质上是维护他的教义的不容挑战），宁愿无罪者受到折磨，也不愿让一个罪人逃脱上帝的审判。就这样，在加尔文统治日内瓦的前五年里，就有10人被斩首，13人被绞死，35人被烧死，76人被驱逐。还有更多的人慑于恐怖而逃跑。正如法国著名作家巴尔扎克所言：“加尔文的宗教恐怖统治比法国革命最坏的血洗还要可憎。”
在被迫害者之中，有两个人需要特别予以说明，一个是西班牙医生和神学家米圭尔·塞维特斯。此人把对基督教教义的改革作为他终生的追求，具有大胆质疑和刨根问底的执着精神和为寻找真理而不畏强权的坚韧品德。最初，塞维特斯把加尔文作为信得过的神学家和老朋友，并把自己尚未出版的《基督教的恢复》一书的校样送给了加尔文，希望得到这位宗教改革的领袖给予指导和支持。在这部还未公开出版的著作中，他对《圣经》进行了更大胆的解释，并想纠正加尔文的《基督教原理》。然而，这本书却激怒新教领袖加尔文，使这位新教领袖露出世俗小人的卑劣品质：加尔文没有公开回应他的朋友，而是利用背后告密的诡计，而且是向新教的死敌罗马天主教宗教法庭告密，企图假敌人之手将一位信奉基督的老朋友逮捕并送上断头台。如果加尔文的阴谋得逞，就可以达到一箭双雕的目的：既消灭了对自己的教条提出质疑的辩论对手，又把不宽容的罪行栽赃给死敌天主教。然而，天主教法庭并没有上加尔文的当：决不能为了取悦于日内瓦的异端领袖而杀害另一个普通的异端分子。所以，天主教以其人之道还治其人之身，故意制造犯人越狱而使塞维特斯逃脱，然后把塞维特斯的模拟像和他的五大箱《基督教的恢复》在维也那市场焚烧。
然而，坚韧的塞维特斯居然向加尔文做出了更富有冒险性的挑战，他在流亡了四个月后来到了日内瓦，直奔加尔文经常布道的那座教堂。巧合的是，加尔文此刻正在教堂并一眼就认出了这位挑战者，于是，塞维特斯刚离开教堂就被捕了。面对被套上枷锁的塞维特斯，加尔文再也无法掩饰自己的仇恨，他立刻撕掉了昔日的伪善面具，像不宽容的天主教法庭一样，对塞维特斯进行宗教审判。塞维特斯被捕的两个月后，即1553年10月27日，米圭尔·塞维特斯被绑赴查佩尔广场执行火刑。刑前，塞维特斯匍匐在地，用膝盖爬行，仅仅请求减少死亡时的痛苦，希望用先砍头、再火烧的处决方式。因为他担心，自己可能忍受不了火烧的身体痛苦而背叛自己的终生信念。加尔文的追随者却想趁机要挟塞维特斯放弃信念：如果你承认加尔文的教义是惟一正确的教条，并放弃反对三位一体的异端，我们就可以让得到较为宽大的处决方式。然而，这样的要挟却激发出塞维特斯的坚强，他以轻蔑的口吻拒绝了这一建议，毅然走上火刑柱。
就这样，一位虔诚的基督教徒及其著作一起化为灰烬。但他的殉难精神却没有随之绝迹，反而为后人留下的警示：不宽容的异端迫害必须中止，宽容的宗教自由必须建立。
另一位遭受加尔文迫害的著名人士是法国人塞巴斯蒂安·卡斯特利奥。这位精通拉丁文、希腊文、希伯莱文和德语的博学之士，还懂得音乐，写作诗歌和散文，被当时的自由主义神学家们称为“最有学问的人”和“百科全书之称”的人。他热衷于社会问题的思考且富有人道主义情怀，当他在里昂第一次看到宗教法庭烧死异端者，宗教法庭的残酷和异端者的殉难勇气，从正反两方面震撼着他的心灵。正是这种震撼，促使他投身于席卷欧洲的宗教改革运动，为捍卫新教教义和反对天主教教廷而斗争。
最初，卡斯特利奥和塞维特斯一样，也把加尔文当成宗教改革的领袖和福音派教义的代表，谦卑而虔诚地向加尔文学习，主动前往斯特拉斯堡向加尔文求教。这次见面，加尔文对他颇有好感和极为赏识，加尔文重返日内瓦之后，卡斯特利奥被聘为日内瓦神学院院长。他的教学获得巨大成功，他编写的小册子《难题解答入门》声名卓著，即便在他死后的几世纪里，仍然不断再版，据统计，至少出了四十七版。
作为一位虔诚的教徒和智慧卓越的学者，他为自己确定了更高的目标，即在对宗教改革及其新教教义的阐释上要超越路德等先驱者。为此，他计划把全部《圣经》翻译成拉丁文和法文。然而，他万万没有想到，如此虔敬的事业却遭到自己的早期偶像加尔文的阻拦。在当时的日内瓦，加尔文是精神事务的最高裁决者，拥有至高无上的独裁权力。神学教义的邪正需要他来裁决，宗教著作的出版也必须得到他的许可。
经过自身的努力，卡斯特利奥也很快成为了著名神学家，他对加尔文的再次拜访，本应该是两位卓越的新教神学家之间的的平等对话，起码应该是两位同行之间的切磋。然而，加尔文那种惟我独尊的狂妄姿态及其拥有的独裁权力，把本来无心挑战加尔文权威的卡斯特利奥硬是逼成挑战者。与加尔文的狂妄相比，卡斯特利奥就显得谦卑有加，他不仅从来不会自我宣称为“惟一正确”，而且他坦承《圣经》是一部晦涩难解、充满矛盾的经典，自己也并不完全了解《圣经》的所有章节，自己的新译本所能提供的不过是无数种解释之一，而不是确定无疑的宗教真理。所以，他特别提醒读者不要对他的新译本过于相信。但是，知识上的谦卑并不等于道德上的懦弱，恰恰相反，希望与加尔文进行平等交流的卡斯特利奥，具有个人独立的强烈愿望，也有捍卫个人尊严的坚定决心，于是，在具有许可权的加尔文与不承认这种许可权的卡斯特利奥之间，必然产生冲突。
新教运动与天主教会的冲突在文化上表现形式之一，就是各民族语言向拉丁文的一统权威的挑战。在天主教会看来，已有的拉丁文《圣经》就是最权威的文本，而路德却在拉丁文本之外把《圣经》翻译成德文。同样，加尔文也曾与卡斯特利奥合作，共同把《圣经》翻译成法文，卡斯特利奥并还未这个合作译本作了序。但他并不认为这就是惟一钦定的法文译本，他还要出版自己单独完成的新译本。于是，加尔文利用他的许可权提出了一个蛮横的先决条件：必须由他先读新的译本并对不合适的部分作出修改之后，新译本才会得到出版许可。
作为一名具有虔诚信仰而又勤于探索的思想者，卡斯特利奥在思维天赋、语言才能和学问功底等方面，一点也不逊于自视甚高的加尔文。何况，在瑞士这样的共和国里，思想自由乃天经地义。无论是学者还是神学家，彼此之间可以有知识上的差异和观点上的分歧，但在人格尊严上和表达权利上应该是平等的。所以，他无法忍受根据独裁者的意志来“加工”和“提高”自己的著作，更无法接受加尔文的蛮横要求及其书刊检查制度。但加尔文毕竟是声名卓著的新教领袖，卡斯特利奥也由衷地尊敬加尔文，所以，他不想把两人的关系弄僵，而是希望找出一种既维护了自己的尊严而又不至于不得罪加尔文的办法来化解尴尬。于是，卡斯特利奥提出：他愿意在加尔文方便的时候为其朗读自己的原稿，以便倾听加尔文的建议或忠告。然而，自视为绝对权威的加尔文，以为自己对他人的任何发言都是必须遵守的命令，而不是要与对方进行交流或协商的建议。所以，加尔文毫无商量地回绝了卡斯特利奥的建议并开始了迫害。
1543年12月15日，鉴于卡斯特利奥的神学成就和影响力，日内瓦市政会一致通过了任命他为新教传教士的决议。但加尔文坚决反对这一任命，反对的理由仅仅是卡斯特利奥卡斯翻译的法文《圣经》有两段不同于加尔文的翻译，而且是完全无关教义宏旨的细微末节上的差异。
在当时的欧洲，日内瓦毕竟还是自由城市，对于两人的分歧，市政会并没有做出偏袒某方的裁决，而是让双方通过公开辩论来解决。令人惊讶的是，一向狂妄的加尔文并没有公开反对这个要求，而且在辩论会上也没有被卡斯特利奥的挑战所激怒。加尔文也是个精明的现实主义者，他知道自己的地位有赖于日内瓦市政会，也知道因迫害米圭尔·塞维特斯而损伤了自己的形象，所以，维护自身的权威形象最好办法，就是在公开辩论中以理智的平静来应对激烈的挑战。他的策略是先让对手在辩论会上出丑，然后再进行“后发制人”的迫害。是的，狡猾的加尔文做到了：在辩论会上，他深藏起对卡斯特利奥的仇恨和市政会的不满，而表现出罕见的克制。
果然，辩论会后，加尔文也没有在理论上回应卡斯特利奥的挑战，而是立刻在行动上做出回应，从法律上对卡斯特利奥的提出控告，。他的狡猾还在于，他不是向宗教法庭而是向世俗法庭市政会提出控告：“卡斯特利奥破坏牧师的威望”。加尔文之所以这样做是基于两方面的精明算计：首先，他在此前已经把异端者塞维特斯送上宗教法庭并处以火刑，他不愿再用可能对他的形象造成更大伤害的同一种迫害手段；其次，通过世俗法庭的审判，可以使神学分歧变成政见冲突，把思想争论变成司法性或行政性的裁决。
然而，市政会对加尔文的指控并不热心，仅仅作出了带有平衡性质的裁决：除了暂行中止对卡斯特利奥的任命提名之外，对卡斯特利奥本人并未给予严厉的处罚。即便如此，卡斯特利奥也意识到：只要加尔文在日内瓦，他便不会有真正的自由。所以，他主动请求市政会解除了他的神学院院长职务并离开了日内瓦。回到巴塞尔后，卡斯特利奥放弃享乐消遣和名誉财富，以清教徒精神继续着《圣经》的翻译事业，以表明自己的言论权利的不可侵犯和自由意志的不可摧毁。
已经迫使卡斯特利奥离开日内瓦的加尔文并没有罢手，因为他知道自己的对手的实力，无论卡斯特利奥生活在何处，只要他仍然投身于神学事业和公开放言，就是对加尔文谋求的思想独裁的威胁。所以，加尔文再次重演残酷的“肉体灭绝”的迫害之道——想办法烧死卡斯特利奥。但意志坚强的卡斯特利奥决不等死，他接连发表《论异端》、《答加尔文书》和《悲痛地向法兰西忠告》来挑战加尔文的迫害。卡斯特利奥也并非毫无智慧的莽汉，而是善于斗争的睿智之士，他用过去反迫害的加尔文来反对现在实施迫害的加尔文。他在文中引述当年加尔文在受迫害时写下的反迫害文字：处死异端是罪恶的——既有违人道又亵渎教义。这种“以其人之道还治其人之身”的办法，把加尔文逼入极为尴尬的境地，其恼怒是不难想象的。
卡斯特利奥认为：加尔文宣称判定“异端”的标准来自《圣经》惟一的法律文件，但在《圣经》里却找不到“异端”这个词。在宗教事务上，不可能只有一种对《圣经》的解释是绝对真理，基督教内部对《圣经》的解释历来存在着诸多差异，不要说天主教和新教之间的差异，即便在新教内部也有路德派和加尔文派之间的不同。难道只要有差异就变成异端了吗？天主教指控加尔文派教徒是异端，加尔文派指控再洗礼派教徒是异端，甚至法国的信徒到了瑞士就变成了异端，在日内瓦北作为异端烧死的罪犯，却在邻国被视为烈士。卡斯特利奥一针见血地指出“异端”的实质就是迫害异见：“当我思考什么是真正的异端时，我只能发现一个标准：我们在那些和我们观点不同的人们的眼里都是异端。”所以，“这一称号在今天已变得如此荒谬，如此可怖，具有如此耻辱的气氛，以致于如果有人要去掉他的一个私仇，最容易的方法就是控告这人是异端。一旦其他人听到这可怕的名字，他们就吓得魂飞魄散，掩耳不迭，就会盲目地不仅对被说成是异端的，而且对那些胆敢为他讲一句好话的人进行攻击。”
卡斯特利奥的《论异端》，自然要激怒加尔文，他无法容忍卡斯特利奥对迫害异端的批判，更无法容忍竟有人敢于公开谈论他对塞维特斯的处决。所以，他立刻写信告诫瑞士各宗教会议禁止《论异端》，不允许讨论异端问题。在他看来，新的异端已经出现，如果不迅速加以剿灭，就可能燃成“地狱之火”。他迅速写出了自我辩护的《保卫三位一体的真正信仰反对塞维特斯可怕的错误》的宣言，并让日内瓦所有教士签名，但双手沾血的他毕竟心虚，在宣言中把烧死塞维特斯的责任推给行政当局，并为日内瓦市政会灭绝异端的行为辩护，宣称“有权消灭那个魔鬼”。
卡斯特利奥看到加尔文的强词夺理的宣言之后，也迅速给出了回应，这就是16世纪西方的最为著名的反宗教迫害的起诉书《答加尔文书》。卡斯特利奥控告加尔文的信仰专断：以宗教名义把塞维特斯送上断头台。他不与加尔文讨论塞维特斯的宗教观点，而只对加尔文提出蓄意谋杀塞维特斯的指控。塞维特斯仅仅因为自己的言论而被烧死，尽管加尔文把火刑的直接责任推给了行政当局，但背后的操纵者正是加尔文。他还指出，烧死塞维特斯凸现了加尔文的独断、暴戾和野蛮，已经在欧洲、特别是在法国和意大利引发出诸多抗议。
此前，加尔文为了回应这些抗议写过《保卫》一文。对此，《答加尔文书》指出：加尔文指控塞维特斯“独立地武断地”解释《圣经》，但在事实上，对《圣经》做出独立的解释，在宗教改革运动中并非塞维特斯一人，恰恰相反，宗教改革运动恰恰发端于路德对《圣经》的独立解释，这一运动的发展也依赖于越来越的对《圣经》独立解释，加尔文的教条也是这众多的独立解释之一。“百家争鸣”才是宗教改革运动的最大特色。如果除了加尔文的解释之外的其他解释都被视为异端，进而被判处火刑之罪，那么，宗教改革运动就失去了它的真正意义。也就是说，宗教改革不同于中世纪的最大意义在于：宗教真理不是天主教教廷钦定的，也不是唯一的，而是有分歧的和可争论的，任何个人和任何派别都不能自奉为“唯一正确”和“永远不会错”，没有资格宣称“只有我们知道真理，和我们不同的所有意见都是错的。”加尔文之所以把不同于他的观点视为“异端”，绝非因为他握有唯一真理，而是因为他独裁。所以，他就像历史上的所有独裁者一样，独断地要求所有人都按照塔一个人的标准来思想来行动，而把其他不同思想统统作为“敌人”来加以禁止和迫害。卡斯特利奥质问加尔文：当我们共同参与一场有关信仰的辩论时，你为什么要求所有的论战对手沉默呢？事实上，你的独断蛮横恰恰证明了你的虚弱和恐惧：非常害怕自由的争论使你丧失独裁者的地位。
由此可见，加尔文以保卫上帝为名而“把一个人活活烧死”，绝非保卫一个教义而仅仅是保卫独裁权力。所以，烧死异见者的加尔文就犯有三重罪：第一，加尔文没有任何理由封杀对《圣经》的不同解释，封杀就是思想独裁之罪；第二，即便异见者的观点有错误，他们也有说出错误观点的权利；在封杀令之下，即便他们坚持说出自己的观点“不是在坚持真理”，却是在捍卫“思想的权利和说话的权利”。而加尔文因为他们坚持说出其观点就迫害他们，是犯了压制自由权利的反人道罪。第三，不论以任何借口，任何人和任何组织都无权杀死一个坚持己见的异见者，而加尔文却以“保卫信仰”的借口烧死异见者，就是犯下了最严重的谋杀罪。人死而不能复生，即便以后冤狱被平反，死者的名誉被恢复，但再多的补偿也不能弥补不了被谋杀的生命。所以，卡斯特利奥对处死异见者坚决说“不”，因为，最根本的是保护现在还活着的人。
迫于加尔文的权力，《答加尔文书》被禁止出版，只能以手抄本在民间流传，直到近一个世纪之后才得以出版。所以，这篇正中加尔文要害的反迫害檄文并未发挥应有的影响。但卡斯特利奥的威望和影响却与日俱增，甚至开始动摇加尔文在日内瓦的独裁地位。也正因为如此，在卡斯特利奥退出论战、回归学术之后，必欲置异见者于死地的加尔文也决不会罢手。他支持这次甚至不再用学术争论来伪装之间，而是抛开《圣经》阐释，也不再关心是非真伪，一心要尽快在肉体上消灭他的对手。他先伪造匿名文章，进行栽赃陷害，但这些小人手段一一失败。于是，他采取了更为赤裸的挨户搜查的迫害手段，果然在搜查中发现了一本未经加尔文许可而出版的《悲痛地向法兰西忠告》，这本小册子又恰好是卡斯特利奥的新作。
在这本小册子中，卡斯特利奥再次呼吁：熄灭教会内部的愤怒和仇恨，回归到通过理性讨论来解决争端的和平方式。因为，地球上所有的邪恶都源于“违心的迫使”。首先，在道德上，强迫一个人去信仰他所不信的教义，强迫一个人公开声明接受一种他所反对的信仰，是不变的虚伪；其次，在智慧上，强制入伙只能招来一些懦夫和伪君子，是极端的愚蠢；在法律上，对拒绝强迫而坚持己见的人治罪，是不合法的犯罪。所以，与其要用迫害异端的名义强迫别人改信，还不如既不强迫这部分人，让新教徒成为新教徒；也不强迫那部分人，让天主教徒继续作天主教徒。新教和天主教应该和解，起码应该允许人们自愿地信或不信，自愿地加入或退出某一教派；允许对《圣经》的不同解释，保证各种解释的和平而平等的发言权，进而达成一种自由争鸣的社会气氛。卡斯特利奥呼吁：“法兰西，我对您的忠告是，停止强制、迫害和杀害良心吧，代之以每一个信仰基督的人自行其是”。
独裁而狂妄的加尔文根本听不进卡斯特利奥的忠告，在他的操纵下，对卡斯特利奥的双重迫害同时展开：一方面是改革教会在宗教大会上通过决议：“特通告卡斯特利奥所著一本名为《悲痛地向法兰西忠告》的书业已出版，此书危险绝顶，兹警告教徒们对此书警惕勿懈。”另一方面把卡斯特利奥告上法庭并要求予以逮捕。但加尔文在日内瓦之外的影响力毕竟有限，巴塞尔大学出面庇护了卡斯特利奥，巴塞尔行政当局没有听命于加尔文。
然而，曾是卡斯特利奥的密友的两名亡命巴塞尔的异教徒，一位是《论异端》的合作者，另一位曾将《三十次对话》译为拉丁文出版。审判两位异教徒的案子必然牵涉到卡斯特利奥，当地的巴塞尔大学和行政当局再也无法给予庇护。正当卡斯特利奥即将遭到被捕、流放、甚至被烧死的命运之时，病魔之手先于加尔文的迫害之手，于1563年12月29日夺去卡斯特利奥的年仅48岁的生命。在当时的严酷环境下，卡斯特利奥死于疾病与可能遭到人为迫害及其火刑相比，似乎已经算是上天给予的眷顾了，正如他的朋友们所说：“靠上帝赐助，把他侥幸地从敌人的魔爪下夺了回来。”
卡斯特利奥死了。但他反对异端迫害的事迹和精神、连同他的虔诚、宽容、坚韧、才华和著述却永彪史册。他不仅反对用教条压制异见，反对用法律压制言论，更反对用独裁权力压制良心自由。卡斯特利奥与加尔文的斗争，起码留给后人如下珍贵的遗产：
——没有任何一个教义和真理，仅仅因为自我吹捧和狂热布道而变得更正确更真实，更无法通过强制和迫害而使某一教义或哲学变得正确更真实。
——无论借助于什么样的理由——上帝、国家、民族、信仰、真理——即便是极为神圣的理由，也无权因思想分歧而迫害异见，仅仅因为某人表达了自己的信念，并在威逼利诱之下仍然坚持说真话，即便是和平表达的错误观念，也不足以构成遭受迫害的理由。
——谁也无权剥夺任何人的思想、信仰、言论的自由，更不能剥夺人的生命。自由比任何真理都珍贵，生命比任何教条都神圣。
——信仰和真理，可以传播，可以说服，却不能强加；任何个人、组织、团体和政权，甚至可以靠互相吹捧来传播某种教义、信仰和观念，但决不能靠用禁书、监狱、火刑来传播自己的信仰。正如卡斯特利奥所言：不能用暴力来捍卫自己的信仰，更不能用暴力来证明我们的强大。七、走向宗教自由和宗教和解的朝圣之旅
尽管，迫害异端及其宗教裁判所在19世纪开始衰落，但直到1860年代，罗马教廷仍然颁布针对异教和异端的《邪教汇编》，教皇庇护九世仍然想召开一次世界性的大公会议，意在恢复教廷的宗教及其世俗的权力，恢复“教皇永无谬误”的信仰教条。“它成为这些人抵挡自由主义在天主教中传播的一个共同的盾牌。”（阿克顿语，见《自由与权力》P234）甚至直到20世纪的二战前后，禁书和宗教裁判所仍然存在。比如，天主教廷还1945年和1948年两次再版《禁书目录》，涉及到英语、法语、意大利语、拉丁语、德语、希腊语、阿拉伯语、希伯莱语、西班牙语、荷兰语的各类著作，被禁书籍：法国692部，意大利655部，包括等；德国（含奥地利和波西米亚的作者）483部，英国143部，西班牙109部，还有另外24个国籍的书籍和未署名的书籍552部。其中包括许多世界知名的作家和思想家，作家如：大小仲马、左拉、福楼拜、斯汤达、蒙田、乔治·桑、笛福等，思想家如：康德、笛卡尔、洛克、休漠、斯宾诺沙、伯格森、卢梭、伏尔泰、狄德罗、孔德、霍布士、莫尔、米勒、布鲁诺、吉本、伊拉斯莫等。（参见：《宗教裁判所——异端之锤》）
这种延绵数世纪的宗教迫害，直到20世纪60年代才正视宣告结束，梵蒂冈于1965年颁布的《宗教自由宣言》，标志着罗马教廷走向真正的宗教宽容。该宣言明确宣布：放弃“持谬见的人无任何权利”的不宽容传统。自此以后，罗马教廷也开始致力于在世界范围内传播宗教自由，及至新旧世纪之交，罗马教皇不但公开承认宗教法庭审判异端和伽利略是错误的，为伽利略平反，而且向曾经遭受过罗马教廷迫害的所有异教徒道歉，以此来为中世纪教会的迫害异端赎罪。
2001年2月25日，已经79岁高龄并患有帕金森症等多种疾病的罗马教皇约翰·保罗二世，开始了前往中东的朝圣之旅，旨在推动种族仇恨和战火频燃的是非之地的宗教和解。他访问了伊斯兰教徒占全国人口的90％的埃及，呼吁以和解的对话代替宗教仇恨，代表20亿天主教徒与伊斯兰最大的教派逊尼派领袖进行了对话。5月初，教皇保罗二世又一次前往三大宗教的发源地耶路撒冷，作朝圣之旅。
众所周知，耶路撒冷也许是世界上最有争议和最血腥之地，为争夺它的圣战至今仍然硝烟弥漫。最早诞生于此地的犹太教的命运最为悲惨，遭受了基督教和伊斯兰的长期迫害，圣殿多次被烧毁又多次重建，整个民族差点付出种族灭绝的代价，直到二战后才重返家园和重新建国，彻底结束了漂泊四方的浪迹生涯。但是，历史遗留的以色列与阿拉伯世界的冲突之解决，似乎还遥遥无期。
同时，基督教世界与伊斯兰世界的冲突，从伊斯兰教诞生起就一直延续到今天。中古时期，基督教发动了四次十字军东征，直接起因就是公元1070年土耳其占领了耶路撒冷。之后又经历了罗马帝国的衰落和奥斯曼帝国的兴起。现在，虽然大多数阿拉伯国家，由于内部的政治、经济的纷争而已经与西方修好，但是利比亚操纵的洛克比空难，伊朗制造的人质危机，伊拉克挑起的海湾战争，以及美国对以色列的支持，使阿拉伯的某些国家仍然以圣战为号召，对抗以美国为首的基督教世界。
保罗二世教皇是遵循《圣经》的箴言来到苦难之地的：“你们要记念被捆绑的人，好像与他们同受捆绑；也要记念遭苦害的人，想到自己也在肉身之内。”他记念苦难中的人们，不是来挑起争端的，而是以宽容、和解、忏悔和爱的精神来弥合裂痕的。他的朝圣之行的中心议题是中东和平、宗教和解与圣城使用等问题，他分别会晤了约旦国王、巴以双方的领导人，参观一座大屠杀纪念馆，并前往一个巴勒斯坦难民营。他还讨论怎样改善汇集在耶路撒冷的犹太教、基督教和伊斯兰教之间的关系。在叙利亚，他发表了真诚忏悔与呼吁和解的演说，他主持了在大马士革举行的露天弥撒，呼吁基督徒和穆斯林相互谅解、相互尊重与和平共处；他前往伊斯兰的倭马亚清真寺，在圣徒施洗约翰墓前祷告，与当地穆斯林领袖见面并共同宣读一份祷文。他不仅成为首位踏足清真寺的教皇，而且完成了历史上第一次天主教领袖和穆斯林领袖在一起祷告；最后，他前往戈兰高地祈祷和平，拥抱一位叙利亚少女：化恐惧为信任、藐视为尊重、仇恨为互爱、武力对抗为协商对话。
令人感动的还有，约翰·保罗二世还访问了希腊。因为在历史上天主教与东正教之间的恩怨最深，所以教皇旨在促成宗教和解的访问就更有意义。在希腊，教皇与当地的东正教领袖大主教克里斯托杜洛发表联合声明，谴责所有以宗教之名而进行的暴力、强迫改变信仰和极端狂热主义。教皇忏悔了历史上天主教对异教徒的不宽容和迫害，表示对穆斯林的深深歉意。他特别指出：在中古时期基督教分裂不久后，天主教发动十字军东征，洗劫了当时东正教中心君士坦丁堡（今天的伊斯坦布尔），为天主教所犯的历史罪过请求对方的宽恕。
教皇以谦卑的自省与宽容的姿态，在播散和解的种子与爱的福音的同时，也没有忘记对殉难圣徒的追记。他为历史上的殉教者封圣，既是表达着对殉教者的尊敬和纪念，也是表示对以信仰的名义施加的迫害和仇杀的反省，更是对世俗政权压制信仰自由的抗议。
这位老人、这位教皇的姿态，是为了使十字架不再成为受难和仇恨的标志，而仅仅成为对上帝之爱的信仰的永恒象征。他的和解姿态，就是对圣地的最虔诚朝拜，对上帝之爱最好的践行。
但愿老人的虔诚之爱，能感动仍然陷于宗教及民族的纷争之中的世界。
1999年8月写于大连劳动教养院
2004年11月改于北京家中
【民主中国】2004.12.31
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